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Cirurgias da Coluna Vertebral:​

​As cirurgias da coluna vertebral, mesmo nas mãos de profissionais experientes, apresentam riscos a algumas estruturas neurológicas: medula, raízes nervosas, nervos periféricos e plexos.  Nas deformidades espinhais, embora o risco relativamente baixo (1 a 5%), as consequências devastadores de uma paraplegia, tornam a monitorização da função medular imprescindível. Nas cirurgias da coluna cervical e da coluna lombar as particularidades de cada uma tornam as indicações e as técnicas utilizadas na MNIO bastante distintas, mas não menos importantes. As cirurgias da coluna vertebral encontram na MNIO sua principal indicação em nosso meio. 

Neurocirurgias:​

Muitas das cirurgias do sistema nervoso encontram na MNIO um método de grande auxílio para identificar estruturas e áreas funcionais (mapeamento) ou para acompanhar o estado funcional durante a cirurgia (monitorização). Podemos dividir as cirurgias do sistema nervoso central quanto à localização em medulares e encefálicas. Nas encefálicas, podemos ainda separar as cirurgias da fossa posterior das cirurgias supratentoriais.

Na fossa posterior encontramos o tronco encefálico (bulbo, ponte e mesencéfalo) e os nervos cranianos do III ao XII.  O tronco encefálico é uma verdadeira usina, responsável pelo controle da ventilação, da pressão arterial e batimentos cardíacos, bem como da vigília e sono. Outras funções importantes são a audição, movimentos oculares, deglutição e articulação da fala, movimentos e sensibilidade da face e da língua, mastigação, entre outras. 

No encéfalo supratentorial (acima da tenda do cerebelo) temos as cirurgias que envolvem áreas com funções muito elaboradas como visão, linguagem, memória, motricidade e programação motora, sensibilidade, cálculo, entre outras. As áreas corticais onde as funções são consideradas "nobres" chamamos de áreas eloquentes. A lesão dessas áreas costuma cursar com importante limitação funcional.

Nas cirurgias da medula, especialmente nos casos de tumores raquidianos, a manipulação do tecido neural torna indispensável a MNIO.

Nas cirurgias dos nervos periféricos, informações como a integridade dos axônios de um nervo com neuroma, a identificação de fascículos motores para neurotização (transferência de fascículos neurais), são muito úteis na decisão terapêutica e seu resultado.

Algumas cirurgias neurovasculares (aneurismas e malformações arteriovenosas) podem se beneficiar das informações dadas pela MNIO, especialmente quando há necessidade de clipagem temporária.

Cirurgias funcionais como a colocação de neuro estimuladores medulares, cirurgias de epilepsia e implantes de eletrodos profundos tem sido cada vez mais monitoradas para se obter melhor resultado terapêutico.

Outras:​

A MNIO encontra ainda indicações importantes nas cirurgias vasculares (cirurgias da aorta ascendente, da aorta toracolombar e lombar, endarterectomias de carótida), cirurgias de otorrinolaringologia e cabeça e pescoço (tireoidectomia, timpanomastoidectomias, implantes cocleares), entre outras.

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